In silico evaluation of the antimicrobial activity of thymol—major compounds in the essential oil of Lippia Thymoides Mart. & Schauer (Verbenaceae)

Abstract

Neste artigo, avaliamos as interações fármaco-receptor responsáveis pela atividade antimicrobiana do timol, o principal composto presente no óleo essencial (EO) de Lippia thymoides (L. thymoides) Mart. & Schauer (Verbenaceae). Foi relatado anteriormente que este EO exibe atividade antimicrobiana contra Candida albicans (C. albicans), Staphylococcus aureus (S. aureus) e Escherichia coli (E. coli). Portanto, usamos docking molecular, simulações de dinâmica molecular e cálculos de energia livre para investigar a interação do timol com receptores farmacológicos de interesse para combater esses patógenos. Descobrimos que o timol interagiu favoravelmente com os sítios ativos dos alvos moleculares dos microrganismos. Os resultados do MolDock Score para sistemas formados com CYP51 (C. albicans), Diidrofolato redutase (S. aureus) e Diidrofolato sintase (E. coli) foram −77,85, −67,53 e −60,88, respectivamente. Durante toda a duração das simulações MD, o timol continuou interagindo com o bolso de ligação do alvo molecular de cada microrganismo. As energias de interação de van der Waals (∆EvdW = −24,88, −26,44, −21,71 kcal/mol, respectivamente) e eletrostáticas (∆Eele = −3,94, −11,07, −12,43 kcal/mol, respectivamente) e as energias de solvatação não polares (∆GNP = −3,37, −3,25, −2,93 kcal/mol, respectivamente) foram as principais responsáveis pela formação de complexos com CYP51 (C. albicans), Diidrofolato redutase (S. aureus) e Diidropteroato sintase (E. coli).